8月12日，何由南宁飞赴昆明与美军作战司令麦克鲁交换处理日军投降意见；13日飞赴重庆，参加中美最高幕僚会议，听取对中国战区接受日军投降计划及意见，其后核定有关事项并对各部队下达准备出发命令；20日飞抵湖南芷江四方面军王耀武部；翌日，日军投降代表今井武夫到达芷江，接受何给予的有关投降事宜备忘录。27日，何令前进指挥所人员飞往南京，何亦乘飞机到恩施、安康、西安、遂川、南城等地视察，并对各战区司令长官指示处理受降事宜。
1945年9月8日上午9时，由8架战机护航，何应钦乘坐“美龄号”飞机从湖南芷江飞临南京。第二天上午9时9分，在南京原军校大礼堂举行“中国战区日本投降签字典礼”，按照国际惯例及当时规定，受降仪式上，冈村等降将应在中国军队押送下带指挥刀入场，亲手交何，象征缴械投降。但何却在头一天派人去征询冈村意见，竟然允许他不带刀，免了缴械一幕。
受降仪式开始时，坐在受降席上方的是中国陆军总司令何应钦，及陆、海、空军上将顾祝同、陈绍宽、张廷孟等5人；下方投降位置上是日本驻华派遣军司令冈村宁次大将，参谋长小林线太郎中将，副总参谋长今井武夫少将和舰队司令官福田中将等人；东西两侧观察席上有美国军官和中外记者，中国官员汤恩伯、李明扬、郑洞国、廖耀湘、谷正纲等人。日军参谋长把日军的编制、人数、装备、驻地等清册双手捧交给何的参谋长肖肃毅。肖用一只手接过清册。接着是冈村宁次向何应钦递交投降书，冈村两腿立正，弯腰低头，双手将降书送到何手里。
事前规定，日军投降代表前后应向何敬礼三次，何不必还礼。但冈村向何交降书时，何禁不住起身还礼，使在场的中外记者及有关人员瞠目结舌。当时任中国陆军总司令的何应钦，不但代表中国政府和人民，而且也代表东南亚战区盟军，包括苏、越、朝、缅、泰等国接受冈村代表日本政府投降。这是何一生中最值得炫耀出尽风头的事，是他一生中的顶点。此后，他在国民党中的官运就日渐式微，开始走下坡路了。
免职去美国 为蒋跳火坑
1946年5月，国民政府军事委员会改成国防部，何受陈诚等排挤，失去了参谋总长陆军总司令两个重要职务，而由陈诚和白崇禧分任参谋总长和国防部长，何仅任小小的重庆行营主任一职。10月18日，被蒋派往美国，担任联合国安理会军事参谋团中国代表团团长，一年多后，因国内反共战场吃紧，何奉召回国任总统府战略顾问委员会主任委员。1948年5月31日，又改任行政院政务委员兼国防部长。在中国人民解放军强大攻势打击下，以翁文灏为首的国民政府内阁总辞职，何抱着“大厦将倾，独木难支”的痛苦心情，不顾蒋和黄埔系的挽留，住到上海江湾陆军医院割痔疮去了。
1948年底到1949年初，人民解放军组织的三大战役胜利结束后直逼南京。蒋介石宣布“引退”，由李宗仁任代总统。何考虑到如跟李在南京，势必引起蒋的疑虑，遂以“避寿”为名去杭州。蒋深为感动，于3月12日何60岁生日前夕，派亲信张群，携其亲手题写的“安危同仗，甘苦共尝”寿轴，及一封情辞恳切的亲笔信交何，要何出任李宗仁政府行政院长，以便牵掣桂系。何感激涕零，明知临危受命组阁无异于跳火坑，但为报蒋“知遇之恩”，于3月23日当上了行政院长兼国防部长。
何当上行政院长后，提出了先签停战协定再行和谈的主张，以便依托长江天堑隔江而治，保持江南半壁河山苟延残喘。由于蒋暗中操纵，李宗仁政府没有和谈诚意，致使国共和谈破裂。1949年4月23日人民解放军占领南京，宣告了国民党政府的灭亡。5月13日，何应钦内阁在广州集体辞职，把烂摊子甩给了阎锡山的“战时内阁”，他自己则先到香港，后到台湾。
